Those who are established as kin, we judge based on this presumption even though there is no clear evidence that this one is a relative, and we lash, and strangle, and stone based on this presumption. How so? If it was established that this is his sister, or his daughter, or his mother, and he had relations with her before witnesses—he is lashed, or burned, or stoned, even though there is no evidence that this is his sister, or his daughter, or his mother, other than this presumption alone. And the Rambam wrote in the first chapter of Issurei Biah that the evidence for this matter is what the Torah judged regarding one who curses his father or strikes his father, that he shall be put to death; and from where do we have clear evidence that this is his father, if not by presumption? So too other relatives are by presumption. Thus far his words. And in the Shas [Chullin 11b] we learn from this verse that we follow the majority, for if not so, perhaps he is not his father; rather, it is because the majority of acts of intimacy are after the husband. However, in the Yerushalmi Kiddushin [Chapter 4, Halacha 10] it is derived from this verse for presumption, that therefore we execute him: Is it a clear matter that this is his father? Is it not a presumption that he is his father, and yet we execute? So too all who are established as arayot, we execute. See there. And it is possible to say that it is one matter, for this is a majority that comes by power of presumption; for do we have witnesses for that which we say "the majority of acts of intimacy are after the husband"? Rather, this is by power of presumption since they dwelt as man and wife. And also, this is certainly regarding a son born before us with his father, one does not need a presumption for this, but rather the majority, for the majority of acts of intimacy are after the husband, so that we do not suspect perhaps she conceived from another; but regarding a son and father who come before us from afar and dwelt here in the presumption of father and son, in this the majority is not applicable but rather presumption. And the Torah, which said "And he who strikes his father... shall surely be put to death" (Exodus 21:15), certainly deals both with a son born among us and with a son of presumption.
מי שהוחזקו בשאר בשר דנין ע"פ חזקה זו אע"פ שאין שם ראיה ברורה שזה קרוב, ומלקין וחונקין וסוקלין על חזקה זו. כיצד, הרי שהוחזקו שזו אחותו או בתו או אמו ובא עליה בעדים – הרי זה לוקה או נשרף או נסקל אע"פ שאין ראיה שזו אחותו או בתו או אמו אלא חזקה זו בלבד. וכתב הרמב"ם בפ"א מאיסורי ביאה שראיה לדבר זה מה שדנה תורה במקלל אביו ומכה אביו שיומת, ומנין לנו ראיה ברורה שזה אביו אלא בחזקה, כך שאר קרובים בחזקה, עכ"ל. ובש"ס [חולין י"א:] ילפינן מפסוק זה דאזלינן בתר רובא, דאל"כ דילמא לאו אביו הוא, אלא משום דרוב בעילות אחר הבעל. אמנם בירושלמי קדושין [פ"ד ה"י] דריש לה מהאי קרא לחזקה דלכן הורגין אותו, וכי דבר ברור הוא שזהו אביו, והלא חזקה הוא שהוא אביו והורגין, אף כל מוחזקין לעריות הורגין, ע"ש. ואפשר לומר דחדא מילתא היא, דזהו רוב הבא מכח חזקה, דאטו מה דאמרינן רוב בעילות אחר הבעל יש עדים ע"ז, אלא זהו מכח חזקה כיון שדרו כאיש ואשתו, וגם זהו ודאי בהבן הנולד לפנינו אצל אביו א"צ חזקה לזה אלא רובא דרוב בעילות אחר הבעל דלא ניחוש שמא עיברתו מאחר, אבל בבן ואביו הבאים לפנינו מרחוק ודרו בכאן בחזקת אב ובן דבזה לא שייך רובא אלא חזקה, והתורה שאמרה "וּמַכֵּה אָבִיו ... מוֹת יוּמָת" (שמות כא טו) ודאי דמיירי בין בבן הנולד אצלינו ובין בבן דחזקה [וא"ש הך דסנהדרין ס"ט., וכעין זה כתב בחמ"ש (=בחו"מ?) סי"א, וע' בבית מאיר].