And behold, it is certainly clear that for this reason it is impossible to exempt oneself entirely from tefillin during the time of Kriyat Shema and prayer, for during a short time one can be careful. (And so wrote the Magen Avraham, subsection 1. See there where he wrote that it is permitted, and seemingly it is an obligation.) And a clear proof for this: for behold, in the source of the law in Chullin there, it was not during the time of Kriyat Shema and prayer, since he engaged in halachic discussion with him as is explained there. Rather, because it was their way to walk in tefillin all day, they therefore asked, and he said to him that he has a bowel sickness. And if so, I have a difficulty with the Tur and Shulchan Aruch: why did they bring this law at all? For since they wrote in the previous siman that we do not walk in tefillin all day, only during the time of Kriyat Shema and prayer, if so, even without a bowel sickness we are exempt? And one cannot say that with a bowel sickness there is also a prohibition to wear them all day. It is impossible to say so, for behold, they did not write a prohibition but rather an exemption. Furthermore: for behold, our holy teacher wore them all day, as is explained in Ketubot there. And granted that one cannot learn from him as I have written, nevertheless, a prohibition is not applicable to this for one who wishes to conduct himself with extra holiness. And I have a further difficulty with the Tur and the Shulchan Aruch: if so, how could they leave the matters unspecified? They should have clarified that one with a bowel sickness is exempt all day from tefillin, except during the time of Kriyat Shema and prayer. And regarding the Rambam it is not a difficulty, as it is his way to write the wording of the Shas, and he also did not mention the law in the previous siman. But the Tur and Shulchan Aruch, who wrote the previous law—they should have explained.
והנה זהו וודאי ברור דמטעם זה אי אפשר לפטור עצמו לגמרי מתפילין בשעת קריאת שמע ותפילה, דבשעה קלה יכול ליזהר. (וכן כתב המגן אברהם סעיף קטן א'. עיין שם שכתב דמותר, ולכאורה חובה הוא.) וראיה ברורה לזה: דהא במקור הדין בחולין שם לא היה בשעת קריאת שמע ותפילה, שהרי פלפל עמו כמבואר שם. אלא שמפני שדרכם היה לילך בתפילין כל היום לכן שאלו, ואמר לו שהוא חולי מעיים. ואם כן קשה לי על הטור ושולחן ערוך, למה הביאו כלל דין זה? דכיון שכתבו בסימן הקודם דאנחנו אין הולכים בתפילין כל היום, רק בשעת קריאת שמע ותפילה, אם כן גם בלא חולי מעיים פטורים? ואין לומר דבחולי מעיים איסורא נמי איכא לישא כל היום. אי אפשר לומר כן, שהרי לא כתבו איסור אלא פטור. ועוד: שהרי רבינו הקדוש נשאם כל היום, כמבואר בכתובות שם. ונהי דאין ללמוד ממנו כמו שכתבתי, מכל מקום איסור לא שייך בזה, מי שירצה לנהוג בקדושה יתירה. ועוד קשה לי על הטור והשולחן ערוך, דאם כן איך סתמו הדברים? והוה להו לפרש חולי מעיים פטור כל היום מתפילין, לבד בשעת קריאת שמע ותפילה. ועל הרמב"ם לא קשיא שכן דרכו לכתוב לשון הש"ס, וגם הוא לא הזכיר הדין שבסימן הקודם. אבל הטור ושולחן ערוך שכתבו הדין הקודם – הוה להו לבאר.