Our teachers, the authors of the Shulchan Aruch, wrote in section 8: On a day when there are two sifrei Torah—one should not open the second nor remove the wrapper until they have rolled the first. And one does not remove the first until the second has already been placed on the table, so that they do not divert their attention from the mitzvot. And one brings out the two books as one, and they hold the second until after they have read from the first. Thus far his words, and such is the common custom. And even though in the Yerushalmi Yoma, chapter seven, it is stated that Rabbi Yose would instruct the sezzan of the synagogue... when there are two, one should be removed and one should be brought, see there. And everyone has already raised a difficulty regarding this, and they have not offered a correct resolution. (See Darkhei Moshe, and Magen Avraham, and Korban HaEdah there in the Yerushalmi, and Pnei Moshe in Yerushalmi Sotah, chapter seven, halacha 7.) And in my humble opinion, it is clear that this is not the explanation in the Yerushalmi, for there it deals with the matter of the Kohen Gadol who would read "And on the tenth" by heart. And we have established above in siman 144 that for us, when we need to read from two sifrei Torah and the congregation has only one sefer Torah—they roll it in the presence of the congregation, and it is not similar to the Kohen Gadol, see there. This is the wording of the Yerushalmi there: Rabbi Yose instructed the sezzan of the Babylonian synagogue, when there is one Torah, you shall roll it toward the parokhet. When there are two, one should be removed and one should be brought. Thus far his words. And this is its explanation: that he commanded him the law that has been explained, that when it is necessary to read in two places in the sefer Torah, if they have only one sefer Torah—you shall roll it near the parokhet in the presence of the congregation. And this is not like the Kohen Gadol who read by heart, as I wrote in siman 144. But when you have two sifrei Torah—you shall not read in one and roll it in the presence of the congregation. Rather, after the first reading, you shall move it to the side and take the second from the hand of the one holding it and read from it. And this is like our custom, and it does not deal at all with the matter of taking them from the aron kodesh, but rather as I have written. And it is customary to say Kaddish over the two sifrei Torah, such that both are placed on the table. And when there are three sifrei Torah—all of them are placed during Kaddish (Magen Avraham, subsection 12). And the youths are accustomed to kiss the sefer Torah during its procession, in order to habituate them in the love of the Torah. (See Magen Avraham, subsection 11, who was exacting regarding the matter of bringing two sifrei Torah as one from the principle "one does not perform mitzvot in bundles." It seems to me that here this does not apply, for it is one matter, as we say in Pesachim 102b: Havdalah and Kiddush are one matter. And it is not similar to two infants for milah, for even in one they would read if there were not two sifrei Torah. And for this reason it is not similar to all those in Sotah, for here the reading is not increased. And as for why they do not read in one like Pesachim there, where because of it being one matter they say them over one cup, it is because one does not roll a sefer Torah in the presence of the congregation. Be exacting and you will find it easy.)
כתבו רבותינו בעלי השולחן ערוך בסעיף ח: ביום שיש שני ספרי תורה – לא יפתחו השנייה ולא יסירו המפה עד שיגלולו הראשון. ואין מסלקין הראשונה עד שכבר הניחו השנייה על השולחן, שלא יסיחו דעתן מן המצות. ומוציאין שני הספרים כאחת, ותופסין בשנייה עד אחר שקראו בראשונה. עד כאן לשונו, וכן המנהג הפשוט. ואף על גב דבירושלמי יומא פרק שביעי איתא דרבי יוסי הוה מפקיד לחזנא דכנישתא… כד אינון תרתי תהא מיבל חדא ומייתא חדא, עיין שם. וכבר הקשו זה כולם, ולא העלו תירוץ נכון. (עיין דרכי משה, ומגן אברהם, וקרבן העדה שם בירושלמי, ופני משה בירושלמי סוטה פרק שביעי הלכה ז'.) ולעניות דעתי ברור שאין הפירוש בירושלמי כן, דשם מיירי לענין הכהן הגדול שהיה קורא "ובעשור" בעל פה. וקיימא לן לעיל סימן קמ"ד דאצלינו כשצריכין לקרוא בשני ספר תורה, ואין להציבור רק ספר תורה אחת – גוללין אותה בציבור, ולא דמי לכהן הגדול, עיין שם. וזה לשון הירושלמי שם: רבי יוסי מפקיד לחזנא דכנישתא דבבלאי, כד דהיא חדא אורייתא תהא גייל לה להדי פרוכתא. כד אינון תרתי תהא מיבל חדא ומייתא חדא. עד כאן לשונו. והכי פירושו: שצוה לו הדין שנתבאר, דכשנצרך לקרות בשני מקומות בספר תורה, אם לא יהיה להם רק ספר תורה אחת – תגלול אותה אצל הפרוכת בציבור. ודלא ככהן הגדול שקרא בעל פה, וכמו שכתבתי בסימן קמ"ד. אבל כשיהיה לך שני ספר תורה – לא תקרא באחת ולגלול בציבור. אלא אחר קריאה הראשונה תוליכנה מן הצד, ותקח השנייה מיד המחזיק בה ולקרות בה. וכמנהגינו ולא מיירי כלל בעניין ליקח אותם מן ארון הקודש, אלא כמו שכתבתי. ונוהגין לומר קדיש על שני ספרי התורה, ששניהם יונחו על השולחן. וכשיש שלושה ספר תורה – מניחין כולן בשעת קדיש (מגן אברהם סעיף קטן י"ב). ונוהגים הנערים לנשק הספר תורה בעת הילוכה, כדי להרגילן בחביבות התורה. (עיין מגן אברהם סעיף קטן י"א שדקדק לעניין הבאת שני ספר תורה כאחת מ"אין עושין מצות חבילות חבילות". נראה לי דבכאן לא שייך זה, דחדא מילתא היא כדאמרינן בפסחים קב ב: הבדלה וקידוש חדא מילתא היא. ולא דמי לשני תינוקות במילה, דהא גם באחת היו קוראין אם אין שני ספר תורה. ומטעם זה לא דמי לכל הנך דסוטה, דבכאן לא נתרבה הקריאה. ומה שאין קוראין באחת כפסחים שם, שמטעם חדא מילתא אומרן על כוס אחד, מטעם דאין גוללין ספר תורה בציבור. ודייק ותמצא קל.)