The early authorities wrote that nowadays we do not practice this way, because perhaps they only required this for one who prays in his home. However, in the beit knesset it is a great disgrace to distance himself from his place, and therefore he stands in his place and flatulates. And it follows that he should also not say "Sovereign of the worlds," for when he does not distance himself, his shame and embarrassment are not recognizable (Magen Avraham, subsection 5). And he waits until the odor dissipates, and such is the custom. And it appears to me that he is obligated to remove the tefillin, for it is impossible to permit flatulence in them. And our sages, of blessed memory, said (24b): One who sneezes in his prayer from below—it is a bad sign for him. From above, which is called "nissin"—it is a good sign for him, for just as they cause him satisfaction from below, so they cause him satisfaction from above. For sneezing from above is a pleasure for a person. And know that regarding sneezing from below, there is no difference between flatulence with a sound and without a sound (Magen Avraham, subsection 6 and Eliyah Rabbah, subsection 7). And that which is from below is a bad sign because they distance him from his prayer. But from above there is no interruption here, and there is pleasure in this. And see above, siman 80.
כתבו הקדמונים מה שהאידנא לא נהגו כן, משום דאולי לא הצריכו זה אלא למתפלל בביתו. אבל בבית הכנסת הוי בזיון גדול להרחיק ממקומו, ולכן עומד במקומו ומפיח. וממילא שגם ה"ריבון" לא יאמר, דכשאינו מרחיק – אין ניכר בושתו וכלימתו (מגן אברהם סעיף קטן ה'). וממתין עד שיכלה הריח, וכן נוהגין. ונראה לי דהתפילין חייב לחלצן, דאי אפשר להתיר ההפחה בהן. ואמרו חכמינו ז"ל (כד ב): המתעטש בתפילתו מלמטה – סימן רע לו. מלמעלה שקורין ניסי"ן – סימן יפה לו, דכשם שעושים לו נחת רוח מלמטה כך עושים לו נחת רוח מלמעלה. דהעיטוש מלמעלה תענוג לאדם. ודע דבעיטוש מלמטה אין חילוק בין הפחה בקול לשלא בקול (מגן אברהם סעיף קטן ו' ואליה רבה סעיף קטן ז'). וזה שמלמטה הוי סימן רע, מפני שמרחיקים אותו מתפילתו. אבל מלמעלה אין כאן הפסק, ויש בזה תענוג. ועיין לעיל סימן פ.