In my humble opinion, it seems clear that he had a different version of the Responsa of the Rosh, for even in the Responsa of the Rosh before us, it is not like the version that the Beit Shmuel brings. And if we say so, his words are correct, for indeed, when we examine the words of the Rif, the Rambam, the Tur, and many of the poskim, we do not find any of them mentioning the concern of two identical towns; they mentioned only two Yosef ben Shimons, except for the Rashba in his novellae, see there. And this is what he said, that it is implied so in the Gemara, and certainly it is so, for that which they said there, "we concern ourselves with two Shuiris," is not a halachic ruling but rather the language of a question (Tosafot Bava Batra 172b). On the contrary, the one who says this is Rav Huna, and he asked Rava, and he resolved it for him that we do not concern ourselves unless caravans are frequent and it was established, and he mentioned there regarding that which was established only two Yosef ben Shimons and not two Shuiris. Furthermore, according to Rava, it must certainly be so, for just as we do not concern ourselves with two Yosef ben Shimons when caravans are frequent if it was not established, so too we do not concern ourselves with two Shuiris when caravans are frequent if two Shuiris were not established. If so, even the Amoraim who disagree with him and hold that we concern ourselves with one of them, from where do we have reason to create such a distant dispute, that we should concern ourselves even with a town identical in its name and that there should also be found a pair with identical names corresponding to this pair? And this is what he said, that it is implied so in the Gemara, meaning to say that we do not find in the entire sugya that one should concern himself with two identical towns, but only with two Yosef ben Shimons. And that which is at the beginning of the sugya is nothing but a question, as I wrote, and he resolved it for him that we do not concern ourselves, as mentioned above, which is clear in his intention (and the Pitchei Teshuva brought that the Chatam Sofer also analyzed his words, but the book of the Chatam Sofer is not in my hand at present).
ולענ"ד נראה ברור דגירסא אחרת היתה לו בתשו' הרא"ש דגם בתשו' הרא"ש שלפנינו אינו כגירסא שמביא הב"ש ואם נאמר כן דבריו צודקים דבאמת כשנדקדק בדברי הרי"ף והרמב"ם והטור והרבה מן הפוסקים לא מצאנו לאחד מהם שיאמר החשש של שתי עיירות שוות דלא הזכירו רק שני יוסף ב"ש לבד הרשב"א בחדושיו ע"ש וז"ש דכן משמע בגמ' וודאי כן הוא דזה שאמרו שם חיישינן לשני שוירי אינו פסק הלכה אלא הוא לשון שאלה (תוס' ב"ב קע"ב:) ואדרבה דהאומר הזה הוא רב הונא ושאל מרבה ופשיט ליה דלא חיישינן אא"כ שיירות מצויות והוחזקו והזכיר שם בהך דהוחזקו רק שני יוסף ב"ש ולא שני שוירי ועוד דלרבה בע"כ וודאי דכן הוא דכשם דלא חיישינן לשני יוסף ב"ש בשיירות מצויות אם לא הוחזקו כמו כן לא חיישינן לשני שוירי בשיירות מצויות אם לא הוחזקו שני שוירי וא"כ גם אמוראי דפליגי עליה וס"ל דבחדא מינייהו חיישינן מנלן לעשות פלוגתא רחוקה כזו דניחוש גם לעיר שוה בשמה ושימצא בשם ג"כ זוג בשיוי השמות לזוג הזה וזהו שאמר דכן משמע בגמ' ר"ל דלא מצינו בכל הסוגיא שיחוש לשני עיירות שוים אלא לשני יב"ש וזה שבריש הסוגיא אינו אלא שאלה כמ"ש ופשיט ליה דלא חיישינן כנ"ל ברור בכוונתו (והפ"ת הביא שגם הח"ס פלפל בדבריו ואין בידי כעת ספר הח"ס):