Our teacher, the Rema, wrote: In any case where we cannot attribute it to having occurred after shechitah, even if it is a treifut that has an inspection, if they did not inspect it or they cannot inspect it, it is like a doubtful treifa and we forbid it. We do not say "once slaughtered, it is permitted" except in a matter where we can say that the defect occurred after shechitah, for it did not leave its status of being permitted from its lifetime. Thus far his words. And he explained his words in his book Darkei Moshe, siman 31, regarding an incident of water in the head of an animal, where before they knew of the defect, they cut the skull in two and also part of the brain from the skull, and it was not known if the brain surrounded it and it was kosher or not. There were those who wished to permit it based on the reasoning that we say "once slaughtered, it is permitted" until it becomes known to you by what it became treifa, and when there is a doubt in this, we establish the animal in its status of permitted slaughter. And he rejected their words, for this is only in a matter where it is possible to attribute that the entire essence of the defect occurred after shechitah, such as if we found it with a broken leg and there is a doubt when it was broken, we attribute that it was broken after shechitah, and so too anything similar to this. But in something where the defect certainly existed during its lifetime, such as water in the head, but there is a doubt if it was in a manner that renders it treifa or not, one should not permit it based on this reasoning. And so it is implied in Tosafot [Yevamot 30a]. And according to this are his words here in the Shulchan Aruch. And the truth is that our sages, of blessed memory, who said "once slaughtered, it is permitted," said it regarding a case where a wolf came and took the intestines and returned them perforated, for in this we indeed attribute that it occurred after the shechitah. But in a matter that certainly occurred during its lifetime, who is to say that in this too we say "once slaughtered, it is permitted"?
כתב רבינו הרמ"א כל מקום שאין יכולין לתלות שנעשה לאחר שחיטה אע"פ שהוא טרפות שיש לו בדיקה אם לא בדקוהו או שאין יכולין לבדוק הרי הוא כספק טרפה ואוסרין אותה ולא אמרינן נשחטה הותרה אלא בדבר שנוכל לומר שנעשה הריעותא לאחר שחיטה דלא יצאתה מחזקתה מחיים עכ"ל וביאר דבריו בספרו ד"מ סי' ל"א במעשה בראש בהמה שהיה בו מים וקודם שידעו הריעותא חתכו הגולגולת לשנים וגם מקצת המוח מן הגולגולת ולא היה נודע אם היה המוח מקיפו וכשר אם לאו ויש שרצו להתיר מטעם דאמרינן נשחטה הותרה עד שיוודע לך במה נטרפה וכשיש ספק בזה מעמידין את הבהמה בחזקת היתר שחוטה ודחה דבריהם דזהו רק בדבר שיש לתלות שכל עיקר הריעותא נעשה לאחר שחיטה כגון שמצאנוה שבורת רגל ויש ספק מתי נשברה תולין שלאחר שחיטה נשברה וכן כל כיוצא בזה אבל במה שהריעותא ודאי היתה מחיים כמו במים בראש אלא שיש ספק אם היה באופן המטריף אם לאו אין להכשיר מטעם זה וכן משמע בתוס' [יבמות ל':] וע"פ זה הם דבריו כאן בש"ע והאמת דחז"ל שאמרו נשחטה הותרה הוא לענין בא זאב ונטל בני מעים והחזירום נקובים דבזה הרי אנו תולין שלאחר השחיטה נעשה אבל בדבר שוודאי מחיים נעשה מי יימר דגם בזה אמרינן נשחטה הותרה: