We learn in Masechet Soferim (chapter six, halacha 3): There are ten dots in the Torah: "May the Lord judge between me and you [u-beinecha]," the (second) yod of "u-beinecha" is dotted. "And they said to him [elav], where is Sarah your wife," and the aleph, yod, vav of "elav" are dotted (Bava Metzia 87a), meaning that there is a dot over every letter. And so it implies explicitly in the Midrash there. "And he did not know when she lay down or when she rose up [u-bekumah]" (of the elder daughter, and it is written full with a vav) and the vav is dotted. "And he fell on his neck and kissed him [va-yishakehu]," it is entirely dotted. "And his brothers went to pasture the flock [et tzon] etc.," "et" is dotted (implying that the aleph and the tav are both dotted). "Which Moses and Aaron [ve-Aharon] counted" (Numbers 3:39), "Aharon" is dotted (implying that the vav is not dotted; and in Bechorot 4a it says dotted over "ve-Aharon," and so it is in the Masorah, see there). And in the Midrash it says that the vav of "ve-Aharon" is dotted. "Or on a distant [rechokah] journey," the heh is dotted. And in the Midrash there it says that the chet is dotted, see there. "And we have laid waste even unto Nophah, which [asher]," the resh is dotted. "A tenth [isaron], a tenth" of the festival on the first holiday, the vav of the second "isaron" is dotted. "The hidden things etc. for us and for our children [lanu u-levaneinu] forever [ad olam]," the ayin of "ad" is dotted. Thus far his words, and so it is in Avot De-Rabbi Natan chapter 34, and in the Midrash on Numbers. However, in Avot De-Rabbi Natan it says that the dotting is over "lanu u-levaneinu" and over the ayin of "ad," see there, and so it is explicitly in the Gemara in Sanhedrin (Sanhedrin 43b), and so it is in the Masorah and in the commentary of Rashi on the Chumash. However, the Baal HaTurim wrote as in Masechet Soferim, see there. And it is obvious that one should not make the dots like yods but rather mere dots. And if he omitted a dot, it is permitted to read from it, but he must make the missing dot.
גרסינן במסכת סופרים (פרק ששי הלכה ג): עשרה נקודות בתורה: "ישפוט ה' ביני וביניך", יו"ד (השני) של "וביניך" נקוד. "ויאמרו אליו איה שרה אשתך", ונקוד אי"ו שב"אליו" (בבא מציעא פז א), כלומר שעל כל אות יש נקודה. וכן משמע להדיא במדרש שם. "ולא ידע בשכבה ובקומה" (דהבכירה ומלא וי"ו) והוי"ו נקוד. "ויפל על צוארו וישקהו", כולו נקוד. "וילכו אחיו לרעות את צאן וגו'", "את" נקוד (משמע דהאל"ף והתי"ו שניהם נקודים). "אשר פקד משה ואהרן" (במדבר ג׳:ל״ט), "אהרן" נקוד (משמע דהוי"ו אינו נקוד; ובבכורות ד א איתא נקוד על "ואהרן", וכן הוא במסורה עיין שם). ובמדרש איתא דוי"ו ד"ואהרן" נקוד. "או בדרך רחוקה", ה"י נקוד. ובמדרש שם איתא דהחי"ת נקוד, עיין שם. "ונשים עד נפח אשר", רי"ש נקוד. "עשרון עשרון" שבחג ביום טוב הראשון, וי"ו שב"עשרון" השני נקוד. "הנסתרות וכו' לנו ולבנינו עד עולם", עי"ן שב"עד" נקוד. עד כאן לשונו, וכן הוא באבות דרבי נתן פרק ל"ד, ובמדרש במדבר. אך באבות דרבי נתן אומר שהניקוד הוא על "לנו ולבנינו" ועל עי"ן שב"עד" עיין שם, וכן הוא להדיא בגמרא בסנהדרין (סנהדרין מג ב), וכן הוא במסורה ובפירוש רש"י בחומש. אך בעל הטורים כתב כבמסכת סופרים, עיין שם. ופשוט הוא דאין לעשות הנקודות כמו יודי"ן אלא נקודות בעלמא. ואם חיסר נקודה מותר לקרות בו, אלא שצריך לעשות הנקודה החסירה.