However, it appears that this matter is a tradition in the hands of the sages of the Shas and the Zohar, that ink must be from things whose growth is from the tree, and it is not merely a dye. Therefore, they chose the smoke of oils, for oil comes from the tree of olives, and through the fire smoke rises and they scrape it, and this is ink. However, in truth, not everyone is expert in this, as they wrote that we have not seen that this was the practice (Magen Avraham there, subsection 2). And the great authorities wrote in this wording: Now the scribes do not write with this ink of smokes because it spoils and is easily erased (Birkei Yosef in the name of great authorities). And since we are not expert in this, it is naturally impossible to do so. Therefore, they practiced with gallnuts, which is also from the tree, and they cook it just as the smoke was by means of fire. And the opinion of the Ramban is that the cooking is indispensable, and therefore the early authorities required specifically gummi, which is a resin dripping from the tree, as this is also a thing that comes from the tree. And the copper water is to blacken it well. According to this, even the words of our teacher, the Rema, do not contradict one another, for in Orach Chaim, which is earlier, he wrote according to the essential law of the Gemara to make it from smoke etc., and when he reached Yoreh Deah in this siman, he wrote "with things that come from the tree." And these are the very same things, only because we are not expert in making it from smoke, we therefore do as they did but in a different manner: that we cook the gallnuts and put in gummi, which are things that come from the tree. And the statement of the Zohar is also thus, that ink depends on two things: on a thing that comes from the tree, and on blackness. And in the time of the Shas, when they were expert in smoke, the absolute blackness was also from the tree. And now that we are not expert in this, the essence of the ink we make as they did, namely with things that come from the tree, and by means of the fire when they cook the gallnuts and put in gummi. However, for the blackness, they also take the copper water. (And with this, all that several of the great authorities toiled over is settled well, and see the Pri Megadim there. Examine carefully and you will find it simple.)
אך כנראה שדבר זה קבלה ביד חכמי הש"ס והזוהר, שדיו צריך להיות מדברים שגידולן מן העץ, ואינו צבע בעלמא. לכך בחרו בעשן של שמנים, דהשמן בא מן העץ של זיתים, ועל ידי האור עולה עשן וגוררים אותו, וזהו דיו. אמנם באמת לא הכל בקיאים בזה, כמו שכתבו דלא ראינו שנהגו כן (מגן אברהם שם סעיף קטן ב). והגדולים כתבו בזה הלשון: עתה הסופרים אין כותבין בזה הדיו של עשנים מפני שהוא מתקלקל ונמחק בנקל (ברכי יוסף בשם גדולים). וכיון שאין אנו בקיאים בזה, ממילא שאי אפשר לעשות כן. ולכן נהגו בעפצים, שהוא גם כן מן העץ, ומבשלים אותו כמו שהעשן היה על ידי האש. ודעת הרמב"ן שהבישול הוא לעיכובא, ולכן הצריכו הקדמונים דווקא גומ"א שהוא שרף הנוטף מן האילן, שזהו גם כן דבר הבא מן העץ. והקופר וואסער הוא להשחירו היטב. ולפי זה גם דברי רבינו הרמ"א אין סותרין זה את זה, דבאורח חיים שהוא מקודם כתב כפי עיקר דינא דגמרא לעשות מעשן וכו', ובהגיעו ליורה דעה בסימן זה כתב "בדברים הבאים מן העץ". והן הן הדברים שבשם, רק מפני שמעשן אין אנו בקיאים לעשות, על כן אנו עושים כמו שהם עשו רק באופן אחר: שמבשלים העפצים ומשימים גומא, שהם דברים הבאים מן העץ. וגם מאמר הזוהר כן הוא, דדיו תלוי בשני דברים: בדבר הבא מן העץ, ובשחור. ובזמן הש"ס שהיו בקיאים בעשן, היה גם השחרות הגמורה מהעץ. ועתה שאין אנו בקיאים בזה, עיקר הדיו אנו עושים כמו שהם עשו, והיינו בדברים הבאים מן העץ, ועל ידי האור שמבשלים העפצים ומשימים גומ"א. אך להשחרות לוקחים גם הקופ"ר וואסע"ר. (ובזה אתי שפיר כל מה שטרחו כמה מהגדולים, ועיין בפרי מגדים שם. ודייק ותמצא קל.)