The reason we do not take out a second sefer on Shabbat for the reading of the maftir, to read "And on the Shabbat day" as on Yom Tov, is because it contains only two verses. To begin earlier is not of the subject matter, and it is not similar to Rosh Chodesh where there are four called to the Torah. Furthermore, the primary purpose of reading the sacrifices is to atone for our sins, as it is stated in Taanit (27b), and in the Musaf of Shabbat there is no sin-offering for atonement (Tur). And even though burnt-offerings also atone for those liable for positive commandments—nevertheless, their primary purpose is as a gift, and they only atone incidentally (Zevachim 7b, and see there in Tosafot). Furthermore, on Yom Tov, since in any case they have interrupted the order of the Sabbaths—the Geonim enacted to read also from the section of the Musafim, but not on Shabbat. (Ran, chapter 4 of Megillah) Furthermore, if so, there would be one haftarah for the entire year, for the haftarah must be similar to the reading of the maftir. (And the Tur wrote that therefore we say in Musaf: "You established Shabbat, You desired its sacrifices," because it has no sin-offering, see there. That is to say, a sin-offering is not for "desire," and it is better that one should not sin. Therefore, on Rosh Chodesh we say: "And the male goats we shall perform with desire," for in the future to come there will be no sin, and then even the goats of the sin-offerings will be for desire.)
מה שאין מוציאין בשבת ספר שני לקריאת המפטיר, לקרות 'וביום השבת' כמו ביום טוב, מפני שאין בו רק שני פסוקים. ולהתחיל מקודם אינו מעניינא, ולא דמי לדראש חודש שיש ד' קרואים. ועוד דעיקר קריאת הקרבנות הוא לכפר על עונותינו, כדאיתא בתענית (כ"ז:), ובמוסף שבת אין חטאת לכפרה (טור). ואף על גב דגם עולות מכפרין על חייבי עשה - מכל מקום עיקרן הוא לדורון, ורק מקופיא מתכפרי (זבחים ז':, וע"ש בתוספות). ועוד דביום טוב, כיון דבלאו הכי הפסיקו מסדר השבתות - תקנו הגאונים לקרא גם בפרשת מוספים, ולא בשבת. (ר"ן פרק ד' דמגילה) ועוד דאם כן תהיה הפטרה אחת לכל השנה כולה, דההפטרה צריך להיות מעין קריאת המפטיר. (וכתב הטור דלכן אומרים במוסף: 'תכנת שבת רצית קרבנותיה', משום דאין בה חטאת ע"ש. כלומר דחטאת אינו לרצון, ומוטב שלא יחטא. ולכן בראש חודש אומרים: 'ושעירי עזים נעשה ברצון', דלעתיד לבא לא יהיה חטא, ואז גם השעירי חטאות יהיו לרצון)